Il 4 settembre 1939 il caucus Partito Unito ha rifiutato di accettare la posizione di Hertzog di neutralità nella seconda guerra mondiale e lo depose in favore di Smuts. Dopo esser divenuto Primo Ministro del Sud Africa, ha dichiarato Smuts Sud Africa ufficialmente in guerra con la Germania e l’Asse. Smuts subito si mise a fortificare Sud Africa contro ogni possibile invasione tedesca del mare a causa della importanza strategica globale del Sud Africa che controlla la lunga via del mare intorno al Capo di Buona Speranza.
Smuts ha agito grave contro il Sud Africa filonazista Ossewabrandwag movimento (sono stati catturati commettere atti di sabotaggio) e incarcerato suoi leader per tutta la durata della guerra. (Uno di loro, John Vorster, è stato quello di diventare il futuro primo ministro del Sud Africa).
Il primo ministro Jan Smuts era l’unico importante generale non britannici il cui consiglio è stato costantemente perseguito dalla Gran Bretagna in tempo di guerra il primo ministro Winston Churchill. Smuts è stato invitato al Imperial War Cabinet nel 1939 come il più anziano del Sud Africa a favore della guerra. Il 28 maggio 1941, Smuts è stato nominato maresciallo campo della British Army, diventando il primo sudafricano a tenere quel grado. In ultima analisi, Smuts pagherebbe un prezzo politico ripida per la sua vicinanza allo stabilimento britannico, al Re, e di Churchill che aveva fatto Smuts molto impopolare tra i conservatori nazionalisti afrikaner, che porta alla sua eventuale caduta, mentre la maggior parte dei bianchi di lingua inglese e di una minoranza di afrikaner liberali in Sud Africa è rimasto fedele a lui. (Vedere Jan Smuts durante la seconda guerra mondiale).
Sud Africa e le sue forze militari hanno contribuito in molti teatri di guerra. Il contributo di Sud Africa consisteva principalmente di fornire truppe, aviatori e materiale per la campagna del Nord Africa (la guerra del deserto) e la Campagna Italiana, nonché alle navi alleate che attraccate nei suoi porti cruciali adiacenti l’Oceano Atlantico e Oceano Indiano che convergono sulla punta del Sud Africa. Numerosi volontari anche volato per la Royal Air Force.
LA MEMORIA E' SEMPRE 