Il secondo processo si tenne tra l’8 ed il 31 ottobre 1947 a Danzica, presieduto da una speciale corte polacca. Davanti alla giuria sfilarono 24 imputati, tutti membri delle SS, tranne un kapo. A differenza del primo, in questo processo vennero giudicati non solo elementi di secondo piano nell’organizzazione del campo, ma anche individui che avevano ricoperto ruoli di comando. Tra di essi le figure preminenti furono:
il SS-Hauptsturmführer Theodor Konrad Jakob Meyer, che rivestiva l’incarico di Schutzhaftlagerführer (sovrintendente al funzionamento del campo); svolse anche le funzioni di aiutante del comandante del campo di Stutthof;
il SS-Oberscharführer Ewald Foth, capo del “settore ebraico” del campo, composto per lo più da donne provenienti da Ungheria, Lettonia e Lituania; Foth venne descritto come uno dei più crudeli tra i membri delle SS di Stutthof: tra l’altro partecipava sovente alle esecuzioni ed alle punizioni inflitte ai prigionieri;
il SS-Unterscharführer (Gestapo) Erich Thun, sovrintendente politico del campo.
Sulla base delle prove e delle testimonianze raccolte nel corso del processo, tutti gli accusati vennero dichiarati colpevoli. Dieci di essi furono condannati a morte (le sentenze vennero eseguite nel carcere di Danzica il 22 ottobre 1948), mentre ai restanti vennero comminate pene detentive.
Imputati nel secondo processo
| Nome | Incarico | Sentenza |
| Kurt Dietrich | SS Unterscharführer | condanna a morte |
| Karl Eggert | SS Rottenführer | condanna a morte |
| Theodor Meyer | SS Hauptsturmführer | condanna a morte |
| Ewald Foth | SS Oberscharführer | condanna a morte |
| Albert Paulitz | SS Oberscharführer | condanna a morte |
| Fritz Peters | SS Unterscharführer | condanna a morte |
| Hans Rach | SS Oberscharführer | condanna a morte |
| Paul Wellnitz | SS Rottenführer | condanna a morte |
| Karl Zurell | SS Rottenführer | condanna a morte |
| Erich Thun | SS Unterscharführer | reclusione, a vita |
| Wilhelm Vogler | SS Hauptsturmführer | reclusione, 15 anni |
| Eduard Zerlin | SS Unterscharführer | reclusione, 12 anni |
| Oskar Gottchau | SS Unterscharführer | reclusione, 10 anni |
| Adolf Grams | SS Rottenführer | reclusione, 10 anni |
| Emil Wenzel | SS Unterscharführer | reclusione, 10 anni |
| Werner Wöllnitz | SS Rottenführer | reclusione, 10 anni |
| Johannes Görtz | SS Unterscharführer | reclusione, 8 anni |
| Karl Reger | SS Scharführer | reclusione, 8 anni |
| Martin Stage | SS Scharführer | reclusione, 8 anni |
| Adalbert Wolter | SS Unterscharführer | reclusione, 8 anni |
| Josef Wennhardt | SS Scharführer | reclusione, 10 anni |
| Hugo Ziehm | SS Scharführer | reclusione, 3 anni |
| Walter Englert | SS Scharführer | reclusione, 3 anni |
| Alfred Nikolaysen | Kapo | condanna a morte |
LA MEMORIA E' SEMPRE 